אגף מערכות מידע מטפל ברשת התקשורת, בשירותי מערכות מיחשוב, אבטחתם ותמיכתם, בפיתוח יישומי תוכנה והטמעתם, בשירותי האינטרנט ובשירותי ספריה למדעני המכון לסטודנטים ולמנהלה. האגף אחראי ליישומה של סביבת מיחשוב אינטגרטיבית ובנוסף אמון על תחזוקת התשתיות משמשות להעברת שירותי טכנולוגיית מידע.
בראש האגף עומד פרופסור, המתמנה לתפקידו ע"י נשיא המכון ומדווח אליו.
האגף מורכב משלושה ענפים: ענף תשתיות מיחשוב, ענף יישומים וענף ספריות.