אגף הרכש מופקד על ביצוע רכש מרכזי של טובין ושירותים מספקים בארץ ומחו"ל, באיכות ובזמינות הנדרשת, תוך מינוף היתרון לגודל והמוניטין של המכון להשגת מחירים מיטביים והורדת עלויות.
תהליך הרכש נתמך במערכת ERP משלב הקמת דרישת הרכש, הנפקת ההזמנה לספק עד אספקת הטובין, תשלום חשבונית הספק וסגירת המעגל הלוגיסטי.
האגף ערוך גם לספק בזמינות מיידית מהמלאי המנוהל במחסניו, חומרים וכימיקלים, ציוד מדעי, גאזים וציוד טכני למגזר המדעי המנהלי והטכני.