יחידת הבטיחות ואיכות הסביבה אחראית לקידום הבטיחות ואיכות הסביבה במכון ופועלת להטמעת מדיניות הנהלת המכון בתחום הבטיחות. מדיניות זו נגזרת מהחוקים והתקנות בנושא הבטיחות ומנוהלי הבטיחות של המכון. בראש יחידת הבטיחות עומד פרופסור שנבחר על ידי הנהלת המכון אחת למספר שנים ופועל ביחד עם סגן הנשיא למינהל וכספים. אליהם כפופים מנהל יחידת הבטיחות וממוני הבטיחות אשר אחראים על התחומים המקצועיים השונים: בטיחות כללית, בטיחות ביולוגית, בטיחות כימית, בטיחות קרינה, בטיחות לייזר, בטיחות אש, בריאות תעסוקתית ובטיחות הבנייה. כל הסטודנטים והעובדים החדשים משתתפים בקורסים והדרכות בטיחות על ידי יחידת הבטיחות בתחילת לימודיהם ועבודתם במכון. יחידת הבטיחות מפקחת באופן שוטף על הפעילויות השונות במכון ומעבירה הדרכות רענון תקופתיות לסטודנטים ולעובדים. היחידה מפנה מן המעבדות פסולות מסוכנות, כולל פסולת רדיואקטיבית, כימית וביולוגית. בתחום איכות הסביבה היחידה גם מפנה אריזות של כימיקאלים, סוללות משומשות, תרופות וכלי זכוכית שבורים. בנוסף ליחידה, קיים מערך מסייע של 40 נאמני בטיחות הפרוס במחלקות השונות של מכון ויצמן. במסגרת היחידה מוחזק ומתוחזק גם ציוד יעודי לשעת חירום ובמקביל לכך הוכשר צוות מתנדבים האמור לסייע בפעולות כיבוי, חילוץ והצלה בשעת חירום.
ועדת הבטיחות היא גוף סטטוטורי המורכב מנציגי הנהלת המכון, נציגי העובדים והסטודנטים, ומתפקידה לקבוע מדיניות בטיחות ולפקח על פעילות המכון בתחום הבטיחות ובמיוחד על פעילות יחידת הבטיחות.