2023

GATA6-AS1 regulates intestinal epithelial mitochondrial functions, and its reduced expression is linked to intestinal inflammation and less favorable disease course in ulcerative colitis (UC)

Sosnovski K. E., Braun T., Amir A., Moshel D., Benshoshan M., Vandussen K. L., Levhar N., Abbas-Egbariya H., Beider K., Ben-Yishay R., Asad Ali S., Moore S. R., Kugathasan S., Abramovich I., Saar E. G., Weiss B., Barshack I., Gottlieb E., Geiger T., Ben-Horin S., Ulitsky I., Hyams J. S., Denson L. A. & Haberman Y. (2023) Journal of Crohn's and Colitis.

2022

LGR5 expressing skin fibroblasts define a major cellular hub perturbed in scleroderma

Gur C., Wang S., Sheban F., Zada M., Li B., Kharouf F., Peleg H., Aamar S., Yalin A., Kirschenbaum D., Braun-Moscovici Y., Jaitin D. A., Meir-Salame T., Hagai E., Kragesteen B. K., Avni B., Grisariu S., Bornstein C., Shlomi-Loubaton S., David E., Shreberk-Hassidim R., Molho-Pessach V., Amar D., Tzur T., Kuint R., Gross M., Barboy O., Moshe A., Fellus-Alyagor L., Hirsch D., Addadi Y., Erenfeld S., Biton M., Tzemach T., Elazary A., Naparstek Y., Tzemach R., Weiner A., Giladi A., Balbir-Gurman A. & Amit I. (2022) Cell, 185, 8, p. 1373-1388.

Microglia states and nomenclature: A field at its crossroads

Paolicelli R. C., Sierra A., Stevens B., Tremblay M., Aguzzi A., Ajami B., Amit I., Audinat E., Bechmann I., Bennett M., Bennett F., Bessis A., Biber K., Bilbo S., Blurton-Jones M., Boddeke E., Brites D., BrôNe B., Brown G. C., Butovsky O., Carson M. J., Castellano B., Colonna M., Cowley S. A., Cunningham C., Davalos D., De Jager P. L., De Strooper B., Denes A., Eggen B. J., Eyo U., Galea E., Garel S., Ginhoux F., Glass C. K., Gokce O., Gomez-Nicola D., GonzáLez B., Gordon S., Graeber M. B., Greenhalgh A. D., Gressens P., Greter M., Gutmann D. H., Haass C., Heneka M. T., Heppner F. L., Hong S., Hume D. A., Jung S., Kettenmann H., Kipnis J., Koyama R., Lemke G., Lynch M., Majewska A., Malcangio M., Malm T., Mancuso R., Masuda T., Matteoli M., Mccoll B. W., Miron V. E., Molofsky A. V., Monje M., Mracsko E., Nadjar A., Neher J. J., Neniskyte U., Neumann H., Noda M., Peng B., Peri F., Perry V. H., Popovich P. G., Pridans C., Priller J., Prinz M., Ragozzino D., Ransohoff R. M., Salter M. W., Schaefer A., Schafer D. P., Schwartz M., Simons M., Smith C. J., Streit W. J., Tay T. L., Tsai L., Verkhratsky A., Von Bernhardi R., Wake H., Wittamer V., Wolf S. A., Wu L. & Wyss-Coray T. (2022) Neuron (Cambridge, Mass.), 110, 21, p. 3458-3483.

SARS-CoV-2 IgG Antibody Levels in Women with IBD Vaccinated during Pregnancy

Avni Biron I., Maayan Y., Mishael T., Hadar E., Neeman M., Plitman Mayo R., Sela H. Y., Yagel S., Goldenberg R., Ben Ya’Acov A., Grisaru Granovsky S., Ollech J. E., Edelman-Klapper H., Rabinowitz K. M., Pauker M. H., Yanai H., Goren S., Cohen D., Dotan I. & Bar-Gil Shitrit A. (2022) Vaccines (Basel), 10, 11.

AXL and error-prone DNA replication confer drug resistance and offer strategies to treat EGFR-mutant lung cancer

Noronha A., Belugali Nataraj N., Sang Lee J., Zhitomirsky B., Oren Y., Oster S., Lindzen M., Mukherjee S., Will R., Ghosh S., Simoni-Nieves A., Verma A., Chatterjee R., Borgoni S., Robinson W., Sinha S., Brandis A., Kerr D. L., Wu W., Sekar A., Giri S., Chung Y., Drago-Garcia D., Danysh B. P., Lauriola M., Fiorentino M., Ardizzoni A., Oren M., Blakely C. M., Ezike J., Wiemann S., Parida L., Bivona T. G., Aqeilan R. I., Brugge J. S., Regev A., Getz G., Ruppin E. & Yarden Y. (2022) Cancer Discovery, 12, 11, p. 2667-2683.

Tumor-reactive antibodies evolve from non-binding and autoreactive precursors

Mazor R. D., Nathan N., Gilboa A., Stoler-Barak L., Moss L., Solomonov I., Hanuna A., Divinsky Y., Shmueli M. D., Hezroni H., Zaretsky I., Mor M., Golani O., Sabah G., Jakobson-Setton A., Yanichkin N., Feinmesser M., Tsoref D., Salman L., Yeoshoua E., Peretz E., Erlich I., Mendelson Cohen N., Gershoni J. M., Freund N., Merbl Y., Yaari G., Eitan R., Sagi I. & Shulman Z. (2022) Cell, 185, 7.

Post-Gastrulation Synthetic Embryos Generated Ex Utero from Mouse Naïve ESCs

Tarazi S., Aguilera Castrejon A., Joubran C., Ghanem N., Ashouokhi S., Roncato F., Wildschutz E., Haddad M., Oldak B., Gomez-Cesar E., Livnat N., Viukov S., Lukshtanov D., Naveh Tassa S., Rose M., Issaq - Hanna S., Raanan C., Brenner O. J., Kedmi M., Keren-Shaul H., Lapidot T., Maza I., Novershtern N. & Hanna J. (. (2022) Cell, 185, 18, p. 3290-3306.e25.

Reduced synaptic activity and dysregulated extracellular matrix pathways in midbrain neurons from Parkinson’s disease patients

Stern S., Lau S., Manole A., Rosh I., Percia M. M., Ben Ezer R., Shokhirev M. N., Qiu F., Schafer S., Mansour A. A., Mangan K. P., Stern T., Ofer P., Stern Y., Mendes A. P. D., Djamus J., Moore L. R., Nayak R., Aicher A., Laufer S. H., Rhee A., Wong T. L., Nguyen T., Linker S. B., Winner B., Freitas B. C., Jones E., Sagi I., Bardy C., Brice A., Winkler J., Marchetto M. C. & Gage F. H. (2022) npj Parkinson's Disease, 8, 1.

2021

Spatially organized multicellular immune hubs in human colorectal cancer

Pelka K., Hofree M., Chen J. H., Sarkizova S., Pirl J. D., Jorgji V., Bejnood A., Dionne D., Ge W. H., Xu K. H., Chao S. X., Zollinger D. R., Lieb D. J., Reeves J. W., Fuhrman C. A., Hoang M. L., Delorey T., Nguyen L. T., Waldman J., Wakiro I., Klapholz M., Cohen O., Albers J., Smillie C. S., Cuoco M. S., Wu J., Su M., Yeung J., Vijaykumar B., Magnuson A. M., Asinovski N., Moll T., Goder-Reiser M. N., Applebaum A. S., Brais L. K., Dellostritto L. K., Denning S. L., Phillips S. T., Hill E. K., Meehan J. K., Frederick D. T., Sharova T., Kanodia A., Todres E. Z., Jané-Valbuena J., Biton M., Izar B., Lambden C. D., Clancy T. E., Bleday R., Melnitchouk N., Irani J., Kunitake H., Berger D. L., Srivastava A., Hornick J. L., Ogino S., Rotem A., Vigneau S., Johnson B. E., Corcoran R. B., Sharpe A. H., Kuchroo V. K., Ng K., Giannakis M., Nieman L. T., Boland G. M., Aguirre A. J., Anderson A. C., Rozenblatt-Rosen O., Regev A. & Hacohen N. (2021) Cell, 184, 18, p. 4734-4752.

γδ T cells regulate the intestinal response to nutrient sensing

Sullivan Z. A., Khoury-Hanold W., Lim J., Smillie C., Biton M., Reis B. S., Zwick R. K., Pope S. D., Israni-Winger K., Parsa R., Philip N. H., Rashed S., Palm N., Wang A., Mucida D., Regev A. & Medzhitov R. (2021) Science (American Association for the Advancement of Science), 371, 6535.

Inhibition of ADAM17 impairs endothelial cell necroptosis and blocks metastasis

Bolik J., Krause F., Stevanovic M., Gandraß M., Thomsen I., Schacht S., Rieser E., MüLler M., Schumacher N., Fritsch J., Wichert R., Galun E., Bergmann J., RöDer C., Schafmayer C., Egberts J., Becker-Pauly C., Saftig P., Lucius R., Schneider-Brachert W., Barikbin R., Adam D., Voss M., Hitzl W., KrüGer A., Strilic B., Sagi I., Walczak H., Rose-John S. & Schmidt-Arras D. (2021) The Journal of experimental medicine, 219, 1.

MIR503HG Loss Promotes Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Vascular Disease

Monteiro J. P., Rodor J., Caudrillier A., Scanlon J. P., Spiroski A., Dudnakova T., PflüGer-MüLler B., Shmakova A., Von Kriegsheim A., Deng L., Taylor R. S., Wilson-Kanamori J. R., Chen S., Stewart K., Thomson A., Mitić T., Mcclure J. D., Iyinikkel J., Hadoke P. W., Denby L., Bradshaw A. C., Caruso P., Morrell N. W., Kovacic J. C., Ulitsky I., Henderson N. C., Caporali A., Leisegang M. S., Brandes R. P. & Baker A. H. (2021) Circulation Research, 128, 8, p. 1173-1190.

Efficient maternal to neonatal transfer of antibodies against SARS-CoV-2 and BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine

Beharier O., Plitman Mayo R., Raz T., Nahum Sacks K., Schreiber L., Suissa-Cohen Y., Chen R., Gomez-Tolub R., Hadar E., Gabbay-Benziv R., Jaffe Moshkovich Y., Biron-Shental T., Shechter-Maor G., Farladansky-Gershnabel S., Yitzhak Sela H., Benyamini-Raischer H., Sela N. D., Goldman-Wohl D., Shulman Z., Many A., Barr H., Yagel S., Neeman M. & Kovo M. (2021) The Journal of Clinical Investigation, 131, 13, p. 1-9.

Dietary suppression of MHC class II expression in intestinal epithelial cells enhances intestinal tumorigenesis

Beyaz S., Chung C., Mou H., Bauer-Rowe K. E., Xifaras M. E., Ergin I., Dohnalova L., Biton M., Shekhar K., Eskiocak O., Papciak K., Ozler K., Almeqdadi M., Yueh B., Fein M., Annamalai D., Valle-Encinas E., Erdemir A., Dogum K., Shah V., Alici-Garipcan A., Meyer H. V., ÖZata D. M., Elinav E., Kucukural A., Kumar P., Mcaleer J. P., Fox J. G., Thaiss C. A., Regev A., Roper J., Orkin S. H. & Yilmaz Ö. H. (2021) Cell Stem Cell, 28, 11, p. 1922-1935.

2020

Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping

Ramilowski J. A., Yip C. W., Agrawal S., Chang J., Ciani Y., Kulakovskiy I. V., Mendez M., Ooi J. L. C., Ouyang J. F., Parkinson N., Petri A., Roos L., Severin J., Yasuzawa K., Abugessaisa I., Akalin A., Antonov I. V., Arner E., Bonetti A., Bono H., Borsari B., Brombacher F., Cameron C. J. F., Cannistraci C. V., Cardenas R., Cardon M., Chang H., Dostie J., Ducoli L., Favorov A., Fort A., Garrido D., Gil N., Gimenez J., Guler R., Handoko L., Harshbarger J., Hasegawa A., Hasegawa Y., Hashimoto K., Hayatsu N., Heutink P., Hirose T., Imada E. L., Itoh M., Kaczkowski B., Kanhere A., Kawabata E., Kawaji H., Kawashima T., Kelly S. T., Kojima M., Kondo N., Koseki H., Kouno T., Kratz A., Kurowska-Stolarska M., Kwon A. T. J., Leek J., Lennartsson A., Lizio M., Lopez-Redondo F., Luginbuhl J., Maeda S., Makeev V. J., Marchionni L., Medvedeva Y. A., Minoda A., Mueller F., Munoz-Aguirre M., Murata M., Nishiyori H., Nitta K. R., Noguchi S., Noro Y., Nurtdinov R., Okazaki Y., Orlando V., Paquette D., Parr C. J. C., Rackham O. J. L., Rizzu P., Martinez D. F. S., Sandelin A., Sanjana P., Semple C. A. M., Shibayama Y., Sivaraman D. M., Suzuki T., Szumowski S. C., Tagami M., Taylor M. S., Terao C., Thodberg M., Thongjuea S., Tripathi V., Ulitsky I., Verardo R., Vorontsov I. E., Yamamoto C., Young R. S., Baillie J. K., Forrest A. R. R., Guigo R., Hoffman M. M., Hon C. C., Kasukawa T., Kauppinen S., Kere J., Lenhard B., Schneider C., Suzuki H., Yagi K., Hoon M. J. L. D., Shin J. W. & Carninci P. (2020) Genome Research, 30, 7, p. 1060-1072.

A MAFG-lncRNA axis links systemic nutrient abundance to hepatic glucose metabolism

Pradas-Juni M., Hansmeier N. R., Link J. C., Schmidt E., Larsen B. D., Klemm P., Meola N., Topel H., Loureiro R., Dhaouadi I., Kiefer C. A., Schwarzer R., Khani S., Oliverio M., Awazawa M., Frommolt P., Heeren J., Scheja L., Heine M., Dieterich C., Buening H., Yang L., Cao H., De Jesus D. F., Kulkarni R. N., Zevnik B., Troeder S. E., Knippschild U., Edwards P. A., Lee R. G., Yamamoto M., Ulitsky I., Fernandez-Rebollo E., Vallim T. Q. D. A. & Kornfeld J. (2020) Nature Communications, 11, 1, 644.

Extracellular Vesicle and Particle Biomarkers Define Multiple Human Cancers

Hoshino A., Kim H. S., Bojmar L., Gyan K. E., Cioffi M., Hernandez J., Zambirinis C. P., Rodrigues G., Molina H., Heissel S., Mark M. T., Steiner L., Benito-Martin A., Lucotti S., Di Giannatale A., Offer K., Nakajima M., Williams C., NoguéS L., Pelissier Vatter F. A., Hashimoto A., Davies A. E., Freitas D., Kenific C. M., Ararso Y., Buehring W., Lauritzen P., Ogitani Y., Sugiura K., Takahashi N., AlečKović M., Bailey K. A., Jolissant J. S., Wang H., Harris A., Schaeffer L. M., GarcíA-Santos G., Posner Z., Balachandran V. P., Khakoo Y., Raju G. P., Scherz A., Sagi I., Scherz-Shouval R., Yarden Y., Oren M., Malladi M., Petriccione M., De Braganca K. C., Donzelli M., Fischer C., Vitolano S., Wright G. P., Ganshaw L., Marrano M., Ahmed A., Destefano J., Danzer E., Roehrl M. H. A., Lacayo N. J., Vincent T. C., Weiser M. R., Brady M. S., Meyers P. A., Wexler L. H., Ambati S. R., Chou A. J., Slotkin E. K., Modak S., Roberts S. S., Basu E. M., Diolaiti D., Krantz B. A., Cardoso F., Simpson A. L., Berger M., Rudin C. M., Simeone D. M., Jain M., Ghajar C. M., Batra S. K., Stanger B. Z., Bui J., Brown K. A., Rajasekhar V. K., Healey J. H., De Sousa M., Kramer K., Sheth S., Baisch J., Pascual V., Heaton T. E., La Quaglia M. P., Pisapia D. J., Schwartz R., Zhang H., Liu Y., Shukla A., Blavier L., Declerck Y. A., Labarge M., Bissell M. J., Caffrey T. C., Grandgenett P. M., Hollingsworth M. A., Bromberg J., Costa-Silva B., Peinado H., Kang Y., Garcia B. A., O'Reilly E. M., Kelsen D., Trippett T. M., Jones D. R., Matei I. R., Jarnagin W. R. & Lyden D. (2020) Cell, 182, 4, p. 1044-1061.e18.

Graft-versus-host disease of the CNS is mediated by TNF upregulation in microglia

Mathew N. R., Vinnakota J. M., Apostolova P., Erny D., Hamarsheh S., Andrieux G., Kim J., Hanke K., Goldmann T., Chappell-Maor L., El-Khawanky N., Ihorst G., Schmidt D., Duyster J., Finke J., Blank T., Boerries M., Blazar B. R., Jung S., Prinz M. & Zeiser R. (2020) The Journal of Clinical Investigation, 130, 3, p. 1315-1329.

Modeling biological and genetic diversity in upper tract urothelial carcinoma with patient derived xenografts

Kim K., Hu W., Audenet F., Almassi N., Hanrahan A. J., Murray K., Bagrodia A., Wong N., Clinton T. N., Dason S., Mohan V., Jebiwott S., Nagar K., Gao J., Penson A., Hughes C., Gordon B., Chen Z., Dong Y., Watson P. A., Alvim R., Elzein A., Gao S. P., Cocco E., Santin A. D., Ostrovnaya I., Hsieh J. J., Sagi I., Pietzak E. J., Hakimi A. A., Rosenberg J. E., Iyer G., Vargas H. A., Scaltriti M., Al-Ahmadie H., Solit D. B. & Coleman J. A. (2020) Nature Communications, 11, 1.

Novel Hexb-based tools for studying microglia in the CNS

Masuda T., Amann L., Sankowski R., Staszewski O., Lenz M., D Errico P., Snaidero N., Costa JordãO M. J., BöTtcher C., Kierdorf K., Jung S., Priller J., Misgeld T., Vlachos A., Luehmann M. M., Knobeloch K. & Prinz M. (2020) Nature Immunology, 21, 7, p. 802-815.

A guide to naming human non-coding RNA genes

Seal R. L., Chen L., Griffiths-Jones S., Lowe T. M., Mathews M. B., O'Reilly D., Pierce A. J., Stadler P. F., Ulitsky I., Wolin S. L. & Bruford E. A. (2020) EMBO Journal, 39, 6.

Mitochondrial carrier homolog 2 is necessary for AML survival

Khan D. H., Mullokandov M., Wu Y., Voisin V., Gronda M. V., Hurren R., Wang X., Maclean N., Jeyaraju D. V., Jitkova Y., Xu G. W., Laister R. C., Seneviratne A., Blatman Z., Ketala T., Bader G. D., Marhon S. A., Carvalho D. D. D., Minden M. D., Gross A. & Schimmer A. D. (2020) Blood, 136, 1, p. 81-92.

2019

Cross-Species Single-Cell Analysis Reveals Divergence of the Primate Microglia Program

Geirsdottir L., David E., Keren-Shaul H., Weiner A., Bohlen S. C., Neuber J., Balic A., Giladi A., Sheban F., Dutertre C., Pfeifle C., Peri F., Raffo-Romero A., Vizioli J., Matiasek K., Scheiwe C., Meckel S., Maetz-Rensing K., Van Der Meer F., Thormodsson F. R., Stadelmann C., Zilkha N., Kimchi T., Ginhoux F., Ulitsky I., Erny D., Amit I. & Prinz M. (2019) Cell, 179, 7, p. 1609-1622.e16.

The Human-Specific and Smooth Muscle Cell-Enriched LncRNA SMILR Promotes Proliferation by Regulating Mitotic CENPF mRNA and Drives Cell-Cycle Progression Which Can Be Targeted to Limit Vascular Remodeling

Mahmoud A. D., Ballantyne M. D., Miscianinov V., Pinel K., Hung J., Scanlon J. P., Iyinikkel J., Kaczynski J., Tavares A. S., Bradshaw A. C., Mills N. L., Newby D. E., Caporali A., Gould G. W., George S. J., Ulitsky I., Sluimer J. C., Rodor J. & Baker A. H. (2019) Circulation Research, 125, 5, p. 535-551.

Deterministic Somatic Cell Reprogramming Involves Continuous Transcriptional Changes Governed by Myc and Epigenetic-Driven Modules

Zviran A., Mor N., Rais Y., Gingold H., Peles S., Chomsky E., Viukov S., Buenrostro J. D., Scognamiglio R., Weinberger L., Manor Y. S., Krupalnik V., Zerbib M., Hezroni H., Jaitin D. A., Larastiaso D., Gilad S., Benjamin S., Gafni O., Mousa A., Ayyash M., Sheban D., Bayerl J., Aguilera-Castrejon A., Massarwa R., Maza I., Hanna S., Stelzer Y., Ulitsky I., Greenleaf W. J., Tanay A., Trumpp A., Amit I., Pilpel Y., Novershtern N. & Hanna J. H. (2019) Cell Stem Cell, 24, 2, p. 328-341.e9.

Ketone Body Signaling Mediates Intestinal Stem Cell Homeostasis and Adaptation to Diet

Cheng C., Biton M., Haber A. L., Gunduz N., Eng G., Gaynor L. T., Tripathi S., Calibasi-Koca G., Rickelt S., Butty V. L., Moreno-Serrano M., Iqbal A. M., Bauer-Rowe K. E., Imada S., Ulutas M. S., Mylonas C., Whary M. T., Levine S. S., Basbinar Y., Hynes R. O., Mino-Kenudson M., Deshpande V., Boyer L. A., Fox J. G., Terranova C., Rai K., Piwnica-Worms H., Mihaylova M. M., Regev A. & Yilmaz O. H. (2019) Cell, 178, 5, p. 1115-1131.

Intra- and Inter-cellular Rewiring of the Human Colon during Ulcerative Colitis

Smillie C. S., Biton M., Ordovas-Montanes J., Sullivan K. M., Burgin G., Graham D. B., Herbst R. H., Rogel N., Slyper M., Waldman J., Sud M., Andrews E., Velonias G., Haber A. L., Jagadeesh K., Vickovic S., Yao J., Stevens C., Dionne D., Nguyen L. T., Villani A., Hofree M., Creasey E. A., Huang H., Rozenblatt-Rosen O., Garber J. J., Khalili H., Desch A. N., Daly M. J., Ananthakrishnan A. N., Shalek A. K., Xavier R. J. & Regev A. (2019) Cell, 178, 3, p. 714-730.

The Mitochondrial Transacylase, Tafazzin, Regulates for AML Stemness by Modulating Intracellular Levels of Phospholipids

Seneviratne A. K., Xu M., Henao J. J. A., Fajardo V. A., Hao Z., Voisin V., Xu G. W., Hurren R., Kim S., Maclean N., Wang X., Gronda M., Jeyaraju D., Jitkova Y., Ketela T., Mullokandov M., Sharon D., Thomas G., Chouinard-Watkins R., Hawley J. R., Schafer C., Yau H. L., Khuchua Z., Arnan A., Al-Awar R., Gross A., Claypoo S. M., Bazinet R., Lupien M., Chan S., De Carvalho D. D., Minden M. D., Bader G. D., Stark K. D., Leblanc P. & Schimmer A. D. (2019) Cell Stem Cell, 24, 4, p. 621-636.

AhR controls redox homeostasis and shapes the tumor microenvironment in BRCA1-associated breast cancer

Kubli S. P., Bassi C., Roux C., Wakeham A., Gobl C., Zhou W., Jafari S. M., Snow B., Jones L., Palomero L., Thu K. L., Cassetta L., Soong D., Berger T., Ramachandran P., Baniasadi S. P., Duncan G., Lindzen M., Yarden Y., Herranz C., Lazaro C., Chu M. F., Haight J., Tinto P., Silvester J., Cescon D. W., Petit A., Pettersson S., Pollard J. W., Mak T. W., Pujana M. A., Cappello P. & Gorrini C. (2019) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 116, 9, p. 3604-3613.

UVB-Induced Tumor Heterogeneity Diminishes Immune Response in Melanoma

Wolf Y., Bartok O., Patkar S., Eli G. B., Cohen S., Litchfield K., Levy R., JiméNez-SáNchez A., Trabish S., Lee J. S., Karathia H., Barnea E., Day C., Cinnamon E., Stein I., Solomon A., Bitton L., PéRez-Guijarro E., Dubovik T., Shen-Orr S. S., Miller M. L., Merlino G., Levin Y., Pikarsky E., Eisenbach L., Admon A., Swanton C., Ruppin E. & Samuels Y. (2019) Cell, 179, 1, p. 219-235.

2018

A20 critically controls microglia activation and inhibits inflammasome-dependent neuroinflammation

Voet S., Mc Guire C., Hagemeyer N., Martens A., Schroeder A., Wieghofer P., Daems C., Staszewski O., Walle L. V., Jordao M. J. C., Sze M., Vikkula H., Demeestere D., Van Imschoot G., Scott C. L., Hoste E., Goncalves A., Guilliams M., Lippens S., Libert C., Vandenbroucke R. E., Kim K., Jung S., Callaerts-Vegh Z., Callaerts P., De Wit J., Lamkanfi M., Prinz M. & Van Loo G. (2018) Nature Communications, 9.

A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes

Montoro D. T., Haber A. L., Biton M., Vinarsky V., Lin B., Birket S. E., Yuan F., Chen S., Leung H. M., Villoria J., Rogel N., Burgin G., Tsankov A. M., Waghray A., Slyper M., Waldman J., Nguyen L., Dionne D., Rozenblatt-Rosen O., Tata P. R., Mou H., Shivaraju M., Bihler H., Mense M., Tearney G. J., Rowe S. M., Engelhardt J. F., Regev A. & Rajagopal J. (2018) Nature, 560, 7718, p. 319-324.

T Helper Cell Cytokines Modulate Intestinal Stem Cell Renewal and Differentiation

Biton M., Haber A. L., Rogel N., Burgin G., Beyaz S., Schnell A., Ashenberg O., Su C., Smillie C., Shekhar K., Chen Z., Wu C., Ordovas-Montanes J., Alvarez D., Herbst R. H., Zhang M., Tirosh I., Dionne D., Nguyen L. T., Xifaras M. E., Shalek A. K., Von Andrian U. H., Graham D. B., Rozenblatt-Rosen O., Shi H. N., Kuchroo V., Yilmaz O. H., Regev A. & Xavier R. J. (2018) Cell, 175, 5, p. 1307-1320.

Hyperglycemia drives intestinal barrier dysfunction and risk for enteric infection

Thaiss C. A., Levy M., Grosheva I., Zheng D., Soffer E., Blacher E., Braverman S., Tengeler A. C., Barak O., Elazar M., Ben-Zeev R., Lehavi-Regev D., Katz M. N., Pevsner-Fischer M., Gertler A., Halpern Z., Harmelin A., Aamar S., Serradas P., Grosfeld A., Shapiro H., Geiger B. & Elinav E. (2018) Science, 359, 6382, p. 1376-1383.

Molecular mechanisms of cell death: recommendations of the Nomenclature Committee on Cell Death 2018

, Galluzzi L., Vitale I., Aaronson S. A., Abrams J. M., Adam D., Agostinis P., Alnemri E. S., Altucci L., Amelio I., Andrews D. W., Annicchiarico-Petruzzelli M., Antonov A. V., Arama E., Baehrecke E. H., Barlev N. A., Bazan N. G., Bernassola F., Bertrand M. J. M., Bianchi K., Blagosklonny M. V., Blomgren K., Borner C., Boya P., Brenner C., Campanella M., Candi E., Carmona-Gutierrez D., Cecconi F., Chan F. K. -., Chandel N. S., Cheng E. H., Chipuk J. E., Cidlowski J. A., Ciechanover A., Cohen G. M., Conrad M., Cubillos-Ruiz J. R., Czabotar P. E., D'Angiolella V., Dawson T. M., Dawson V. L., De Laurenzi V., De Maria R., Debatin K., Deberardinis R. J., Deshmukh M., Gross A., Kimchi A., Oren M. & Wallach D. (2018) Cell Death and Differentiation, 25, 3, p. 486-541.

Daily Onset of Light and Darkness Differentially Controls Hematopoietic Stem Cell Differentiation and Maintenance

Golan K., Kumari A., Kollet O., Khatib-Massalha E., Subramaniam M. D., Ferreira Z. S., Avemaria F., Rzeszotek S., Garcia-Garcia A., Xie S., Flores-Figueroa E., Gur-Cohen S., Itkin T., Ludin-Tal A., Massalha H., Bernshtein B., Ciechanowicz A. K., Brandis A., Mehlman T., Bhattacharya S., Bertagna M., Cheng H., Petrovich-Kopitman E., Janus T., Kaushansky N., Cheng T., Sagi I., Ratajczak M. Z., Mendez-Ferrer S., Dick J. E., Markus R. P. & Lapidot T. (2018) Cell Stem Cell, 23, 4, p. 572-585.

2017

Induced-Pluripotent-Stem-Cell-Derived Primitive Macrophages Provide a Platform for Modeling Tissue-Resident Macrophage Differentiation and Function

Takata K., Kozaki T., Lee C. Z. W., Thion M. S., Otsuka M., Lim S., Utami K. H., Fidan K., Park D. S., Malleret B., Chakarov S., See P., Low D., Low G., Garcia-Miralles M., Zeng R., Zhang J., Goh C. C., Gul A., Hubert S., Lee B., Chen J., Low I., Shadan N. B., Lum J., Wei T. S., Mok E., Kawanishi S., Kitamura Y., Larbi A., Poidinger M., Renia L., Ng L. G., Wolf Y., Jung S., Onder T., Newell E., Huber T., Ashihara E., Garel S., Pouladi M. A. & Ginhoux F. (2017) Immunity, 47, 1, p. 183-+.

MicroRNA-142 controls thymocyte proliferation

Mildner A., Chapnik E., Varol D., Aychek T., Lampl N., Rivkin N., Bringmann A., Paul F., Boura-Halfon S., Hayoun Y. S., Barnett Itzhaki I. Z., Amit I., Hornstein E. & Jung S. (2017) European Journal of Immunology, 47, 7, p. 1142-1152.

Guidelines for the use of flow cytometry and cell sorting in immunological studies

Cossarizza A., Chang H., Radbruch A., Akdis M., Andrae I., Annunziato F., Bacher P., Barnaba V., Battistini L., Bauer W. M., Baumgart S., Becher B., Beisker W., Berek C., Blanco A., Borsellino G., Boulais P. E., Brinkman R. R., Buescher M., Busch D. H., Bushnell T. P., Cao X., Cavani A., Chattopadhyay P. K., Cheng Q., Chow S., Clerici M., Cooke A., Cosma A., Cosmi L., Cumano A., Dang V. D., Davies D., De Biasi S., Del Zotto G., Della Bella S., Dellabona P., Deniz G., Dessing M., Diefenbach A., Di Santo J., Dieli F., Dolf A., Donnenberg V. S., Doerner T., Ehrhardt G. R. A., Endl E., Engel P., Engelhardt B., Esser C., Everts B., Dreher A., Falk C. S., Fehniger T. A., Filby A., Fillatreau S., Follo M., Foerster I., Foster J., Foulds G. A., Frenette P. S., Galbraith D., Garbi N., Dolores Garcia-Godoy M., Geginat J., Ghoreschi K., Gibellini L., Goettlinger C., Goodyear C. S., Gori A., Grogan J., Gross M., Gruetzkau A., Grummitt D., Hahn J., Hammer Q., Hauser A. E., Haviland D. L., Hedley D., Herrera G., Herrmann M., Hiepe F., Holland T., Hombrink P., Houston J. P., Hoyer B. F., Huang B., Hunter C. A., Iannone A., Jaeck H., Javega B., Jonjic S., Juelke K., Jung S., Kaiser T., Kalina T., Keller B., Khan S., Kienhoefer D., Kroneis T., Kunkel D., Kurts C., Kvistborg P., Lannigan J., Lantz O., Larbi A., Leibundgut-Landmann S., Leipold M. D., Levings M. K., Litwin V., Liu Y., Lohoff M., Lombardi G., Lopez L., Lovett-Racke A., Lubberts E., Ludewig B., Lugli E., Maecker H. T., Martrus G., Matarese G., Maueroeder C., Mcgrath M., Mcinnes I., Mei H. E., Melchers F., Melzer S., Mielenz D., Mills K., Mirrer D., Mjosberg J., Moore J., Moran B., Moretta A., Moretta L., Mosmann T. R., Mueller S., Muller W., Munz C., Multhoff G., Munoz L. E., Murphy K. M., Nakayama T., Nasi M., Neudoerfl C., Nolan J., Nourshargh S., O'Connor J., Ouyang W., Oxenius A., Palankar R., Panse I., Peterson P., Peth C., Petriz J., Philips D., Pickl W., Piconese S., Pinti M., Pockley A. G., Podolska M. J., Pucillo C., Quataert S. A., Radstake T. R. D. J., Rajwa B., Rebhahn J. A., Recktenwald D., Remmerswaal E. B. M., Rezvani K., Rico L. G., Robinson J. P., Romagnani C., Rubartelli A., Ruckert B., Ruland J., Sakaguchi S., Sala-De-Oyanguren F., Samstag Y., Sanderson S., Sawitzki B., Scheffold A., Schiemann M., Schildberg F., Schimisky E., Schmid S. A., Schmitt S., Schober K., Schueler T., Schulz A. R., Schumacher T., Scotta C., Shankey T. V., Shemer A., Simon A., Spidlen J., Stall A. M., Stark R., Stehle C., Stein M., Steinmetz T., Stockinger H., Takahama Y., Tarnok A., Tian Z., Toldi G., Tornack J., Traggiai E., Trotter J., Ulrich H., Van Der Braber M., Van Lier R. A. W., Veldhoen M., Vento-Asturias S., Vieira P., Voehringer D., Volk H., Von Volkmann K., Waisman A., Walker R., Ward M. D., Warnatz K., Warth S., Watson J. V., Watzl C., Wegener L., Wiedemann A., Wienands J., Willimsky G., Wing J., Wurst P., Yu L., Yue A., Zhang Q., Zhao Y., Ziegler S. & Zimmermann J. (2017) European Journal of Immunology, 47, 10, p. 1584-1797.

Alternatively activated macrophages do not synthesize catecholamines or contribute to adipose tissue adaptive thermogenesis

Fischer K., Ruiz H. H., Jhun K., Finan B., Oberlin D. J., Van Der Heide V., Kalinovich A. V., Petrovic N., Wolf Y., Clemmensen C., Shin A. C., Divanovic S., Brombacher F., Glasmacher E., Keipert S., Jastroch M., Nagler J., Schramm K., Medrikova D., Collden G., Woods S. C., Herzig S., Homann D., Jung S., Nedergaard J., Cannon B., Tschoep M. H., Mueller T. D. & Buettner C. (2017) Nature Medicine, 23, 5, p. 623-+.

Potential role of intratumor bacteria in mediating tumor resistance to the chemotherapeutic drug gemcitabine

Geller L. T., Barzily-Rokni M., Danino T., Jonas O. H., Shental N., Nejman D., Gavert N., Zwang Y., Cooper Z. A., Shee K., Thaiss C. A., Reuben A., Livny J., Avraham R., Frederick D. T., Ligorio M., Chatman K., Johnston S. E., Mosher C. M., Brandis A., Fuks G., Gurbatri C., Gopalakrishnan V., Kim M., Hurd M. W., Katz M., Fleming J., Maitra A., Smith D. A., Skalak M., Bu J., Michaud M., Trauger S. A., Barshack I., Golan T., Sandbank J., Flaherty K. T., Mandinova A., Garrett W. S., Thayer S. P., Ferrone C. R., Huttenhower C., Bhatia S. N., Gevers D., Wargo J. A., Golub T. R. & Straussman R. (2017) Science, 357, 6356, p. 1156-1160.

Analysis of blood-based gene expression in idiopathic Parkinson disease

Shamir R., Klein C., Amar D., Vollstedt E., Bonin M., Usenovic M., Wong Y. C., Maver A., Poths S., Safer H., Corvol J., Lesage S., Lavi O., Deuschl G., Kuhlenbaeumer G., Pawlack H., Ulitsky I., Kasten M., Riess O., Brice A., Peterlin B. & Krainc D. (2017) Neurology, 89, 16, p. 1676-1683.

A single-cell survey of the small intestinal epithelium

Haber A. L., Biton M., Rogel N., Herbst R. H., Shekhar K., Smillie C., Burgin G., Delorey T. M., Howitt M. R., Katz Y., Tirosh I., Beyaz S., Dionne D., Zhang M., Raychowdhury R., Garrett W. S., Rozenblatt-Rosen O., Shi H. N., Yilmaz O., Xavier R. J. & Regev A. (2017) Nature, 551, 7680, p. 333-339.

2016

FORUM

Eshhar Z. (2016) European Journal of Immunology, 46, 12, p. 2694-2694.

Distinct bone marrow blood vessels differentially regulate haematopoiesis

Itkin T., Gur-Cohen S., Spencer J. A., Schajnovitz A., Ramasamy S. K., Kusumbe A. P., Ledergor G., Jung Y., Milo I., Poulos M. G., Kalinkovich A., Ludin A., Kollet O., Shakhar G., Butler J. M., Rafii S., Adams R. H., Scadden D. T., Lin C. P. & Lapidot T. (2016) Nature, 532, 7599, p. 323-328.

Origin, fate and dynamics of macrophages at central nervous system interfaces

Goldmann T., Wieghofer P., Jordao M. J. C., Prutek F., Hagemeyer N., Frenzel K., Amann L., Staszewski O., Kierdorf K., Krueger M., Locatelli G., Hochgerner H., Zeiser R., Epelman S., Geissmann F., Priller J., Rossi F. M. V., Bechmann I., Kerschensteiner M., Linnarsson S., Jung S. & Prinz M. (2016) Nature Immunology, 17, 7, p. 797-+.

ESMO / ASCO Recommendations for a Global Curriculum in Medical Oncology Edition 2016

Dittrich C., Kosty M., Jezdic S., Pyle D., Berardi R., Bergh J., El-Saghir N., Lotz J., Osterlund P., Pavlidis N., Purkalne G., Awada A., Banerjee S., Bhatia S., Bogaerts J., Buckner J., Cardoso F., Casali P., Chu E., Close J. L., Coiffier B., Connolly R., Coupland S., De Petris P. L., De Santis S. M., De Vries V. E. G. E., Dizon D. S., Duff J., Duska L. R., Eniu A., Ernstoff M., Felip E., Fey M. F., Gilbert J., Girard N., Glaudemans A. W. J. M., Gopalan P. K., Grothey A., Hahn S. M., Hanna D., Herold C., Herrstedt J., Homicsko K., Jones D. V. J., Jost L., Keilholz U., Khan S., Kiss A., Koehne C., Kunstfeld R., Lenz H., Lichtman S., Licitra L., Lion T., Litiere S., Liu L., Loehrer P. J., Markham M. J., Markman B., Mayerhoefer M., Meran J. G., Michielin O., Moser E. C., Mountzios G., Moynihan T., Nielsen T., Ohe Y., Oberg K., Palumbo A., Peccatori F. A., Pfeilstoecker M., Raut C., Remick S. C., Robson M., Rutkowski P., Salgado R., Schapira L., Schernhammer E., Schlumberger M., Schmoll H., Schnipper L., Sessa C., Shapiro C. L., Steele J., Sternberg C. N., Stiefel F., Strasser F., Stupp R., Sullivan R., Tabernero J., Travado L., Verheij M., Voest E., Vokes E., Von Roenn R. J., Weber J. S., Wildiers H. & Yarden Y. (2016) ESMO Open, 1, 5.

The mid-developmental transition and the evolution of animal body plans

Levin M., Anavy L., Cole A., Winter E., Mostov N., Khair S., Senderovich N., Kovalev E., Silver D., Feder M., Fernandez-Valverde S., Nakanishi N., Simmons D., Simakov O., Larsson T., Liu S., Jerafi-Vider A., Yaniv K., Ryan J., Martindale M., Rink J., Arendt D., Degnan S., Degnan B., Hashimshony T. & Yanai I. (2016) Nature, 531, 7596, p. 637-641.

2015

Epigenetic silencing of miR-145-5p contributes to brain metastasis

Donzelli S., Mori F., Bellissimo T., Sacconi A., Casini B., Frixa T., Roscilli G., Aurisicchio L., Facciolo F., Pompili A., Carosi M. A., Pescarmona E., Segatto O., Pond G., Muti P., Telera S., Strano S., Yarden Y. & Blandino G. (2015) Oncotarget, 6, 34, p. 35183-35201.

Third Report on Chicken Genes and Chromosomes 2015

Schmid M., Smith J., Burt D. W., Aken B. L., Antin P. B., Archibald A. L., Ashwell C., Blackshear P. J., Boschiero C., Brown C. T., Burgess S. C., Cheng H. H., Chow W., Coble D. J., Cooksey A., Crooijmans R. P. M. A., Damas J., Davis R. V. N., De Koning K. D., Delany M. E., Derrien T., Desta T. T., Dunn I. C., Dunn M., Ellegren H., Eoery L., Erb I., Farre M., Fasold M., Fleming D., Flicek P., Fowler K. E., Fresard L., Froman D. P., Garceau V., Gardner P. P., Gheyas A. A., Griffin D. K., Groenen M. A. M., Haaf T., Hanotte O., Hart A., Haesler J., Hedges S. B., Hertel J., Howe K., Hubbard A., Hume D. A., Kaiser P., Kedra D., Kemp S. J., Klopp C., Kniel K. E., Kuo R., Lagarrigue S., Lamont S. J., Larkin D. M., Lawal R. A., Markland S. M., Mccarthy F., Mccormack H. A., Mcpherson M. C., Motegi A., Muljo S. A., Muensterberg A., Nag R., Nanda I., Neuberger M., Nitsche A., Notredame C., Noyes H., O'Connor R., O'Hare E. A., Oler A. J., Ommeh S. C., Pais H., Persia M., Pitel F., Preeyanon L., Barja P. P., Pritchett E. M., Rhoads D. D., Robinson C. M., Romanov M. N., Rothschild M., Roux P., Schmidt C. J., Schneider A., Schwartz M. G., Searle S. M., Skinner M. A., Smith C. A., Stadler P. F., Steeves T. E., Steinlein C., Sun L., Takata M., Ulitsky I., Wang Q., Wang Y., Warren W. C., Wood J. M. D., Wragg D. & Zhou H. (2015) Cytogenetic and Genome Research, 145, 1424-8581.

Examination of HER3 targeting in cancer using monoclonal antibodies

Gaborit N., Abdul-Hai A., Mancini M., Lindzen M., Lavi S., Leitner O., Mounier L., Chentouf M., Dunoyer S., Ghosh M., Larbouret C., Chardes T., Bazin H., Pelegrine A., Sela M. & Yarden Y. (2015) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112, 3, p. 839-844.

Lymphatic vessels arise from specialized angioblasts within a venous niche

Nicenboim J., Malkinson G., Lupo T., Asaf L., Sela Y., Mayseless O., Gibbs-Bar L., Senderovich N., Hashimshony T., Shin M. S., Jerafi-Vider A., Avraham-Davidi I., Krupalnik V., Hofi R., Almog G., Astin J. W., Golani O., Ben-Dor S., Crosier P. S., Herzog W., Lawson N. D., Hanna J. H., Yanai I. & Yaniv K. (2015) Nature, 522, 7554, p. 56-U100.

Functional classification of memory CD8 + T cells by CX 3 CR1 expression

Boettcher J. P., Beyer M., Meissner F., Abdullah Z., Sander J., Hochst B., Eickhoff S., Rieckmann J. C., Russo C., Bauer T., Flecken T., Giesen D., Engel D., Jung S., Busch D. H., Protzer U., Thimme R., Mann M., Kurts C., Schultze J. L., Kastenmuller W. & Knolle P. A. (2015) Nature Communications, 6.

Synaptojanin 2 is a druggable mediator of metastasis and the gene is overexpressed and amplified in breast cancer

Ben Chetrit C. N., Chetrit D., Russell R., Koerner C., Mancini M., Abdul-Hai A., Itkin T., Carvalho S., Cohen-Dvashi H., Koestler W. J., Shukla K., Lindzen M., Kedmi M., Lauriola M., Shulman Z., Barr H., Seger D., Ferraro D. A., Pareja F., Gil-Henn H., Lapidot T., Alon R., Milanezi F., Symons M., Ben Hamo H. R., Efroni S., Schmitt F., Wiemann S., Caldas C., Ehrlich M. & Yarden Y. (2015) Science Signaling, 8, 360.

Recurrent inactivating RASA2 mutations in melanoma

Arafeh R., Qutob N., Emmanuel R., Keren-Paz A., Madore J., Elkahloun A., Wilmott J. S., Gartner J. J., Di Pizio A., Winograd-Katz S., Sindiri S., Rotkopf R., Dutton-Regester K., Johansson P., Pritchard A. L., Waddell N., Hill V. K., Lin J. C., Hevroni Y., Rosenberg S. A., Khan J., Ben-Dor S., Niv M. Y., Ulitsky I., Mann G. J., Scolyer R. A., Hayward N. K. & Samuels Y. (2015) Nature Genetics, 47, 12, p. 1408-1410.

2014

Excess cholesterol induces mouse egg activation and may cause female infertility

Yesilaltay A., Dokshin G. A., Busso D., Wang L., Galiani D., Chavarria T., Vasile E., Quilaqueo L., Andres Orellana O. J., Walzer D., Shalgi R., Dekel N., Albertini D. F., Rigotti A., Page D. C. & Krieger M. (2014) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111, 46, p. E4972-E4980.

The ErbB4 CYT2 variant protects EGFR from ligand-induced degradation to enhance cancer cell motility

Kiuchi T., Ortiz-Zapater E., Monypenny J., Matthews D. R., Nguyen L. K., Barbeau J., Coban O., Lawler K., Burford B., Rolfe D. J., De Rinaldis R. E., Dafou D., Simpson M. A., Woodman N., Pinder S., Gillett C. E., Devauges V., Poland S. P., Fruhwirth G., Marra P., Boersma Y. L., Plueckthun A., Gullick W. J., Yarden Y., Santis G., Winn M., Kholodenko B. N., Martin-Fernandez M. L., Parker P., Tutt A., Ameer-Beg S. M. & Ng T. (2014) Science Signaling, 7, 339.

Chromatin state dynamics during blood formation

Lara Astiaso A. D., Weiner A., Lorenzo Vivas V. E., Zaretsky I., Jaitin D. A., David E., Keren-Shaul H., Mildner A., Winter D., Jung S., Friedman N. & Amit I. (2014) Science, 345, 6199, p. 943-949.

HER

Kostler W. & Yarden Y. (2014) p. 85-109.

CD84 is a survival receptor for CLL cells

Binsky-Ehrenreich I., Marom A., Sobotta M. C., Shvidel L., Berrebi A., Hazan-Halevy I., Kay S., Aloshin A., Sagi I., Goldenberg D. M., Leng L., Bucala R., Herishanu Y., Haran M. & Shachar I. (2014) Oncogene, 33, 8, p. 1006-1016.

2013

Individual and meta-immune networks

Bransburg-Zabary S., Kenett D. Y., Dar G., Madi A., Merbl Y., Quintana F. J., Tauber A. I., Cohen I. R. & Ben-Jacob E. (2013) Physical Biology, 10, 2.

2012

Cell Lineage Analysis of the Mammalian Female Germline

Reizel Y., Itzkovitz S., Adar R., Elbaz J., Jinich A., Chapal Ilani I. N., Maruvka Y. E., Nevo N., Marx Z., Horovitz I., Wasserstrom A., Mayo A., Shur I., Benayahu D., Skorecki K., Segal E., Dekel N. & Shapiro E. (2012) PLoS Genetics, 8, 2.

NATHAN SHARON

Mirelman D., Bayer E. & Reisner Y. (2012) p. 3-18.

2011

Towards A Sustainable Asia: Energy

Li J., Dobretsov N., Arnon R., Ali M. S., Ruacan S., Jan M. Q., Nam S. W., Zohoor H., Van Minh M. C., Altansukh N., Laidin A. Z. & Shin S. (2011) Towards A Sustainable Asia: Energy, p. 1-30.