אגף תפעול הינו הגורם המקצועי המרכזי המספק שרות לכלל המדענים, הסטודנטים ולעובדי המכון, תוך שמירה על סביבת עבודה בטוחה נעימה ונקייה, נטולת מפגעים ותומכת במחקר המדעי.
תחומי אחריות האגף:
ביטחון וכיבוי אש, אולמות, בתי אירוח ומסעדות, מינהל מדענים אורחים ודיור, הובלות ודואר, שירותי משק, תחבורה וגינון.