Publications

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Koblan L. W., Yost K. E., Zheng P., Colgan W. N., Jones M. G., Yang D., Kumar A., Sandhu J., Schnell A., Sun D. , et al. , Ergen C., Saunders R. A., Zhuang X., Allen W. E., Yosef N. & Weissman J. S. Science | 2025 [All authors] » « [Less authors]

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Bellassen L., David K., Lampert B., Sarusi-Portuguez A., Tsoory M., Lubliner J., Hornstein E., Osherov M., Milo R., Brenner O. , et al. , Becker-Herman S. & Shachar I. PLoS Biology | 2025 [All authors] » « [Less authors]

Yu X., Hu Y., Lim H. Y., Li Z., Jaitin D. A., Yang K., Kong W. T., Xu J., Bejarano D. A., Bied M. , et al. , Orliaguet L., Rengasamy G., Chow Z., Lee C. Z. W., Lum J., Tian J., Zhang X. M., Liu H., Tan S. W., Chen J., See P., Loh Y. H., Malleret B., Baig S., Yassin S. M., Toh S. A. E. S., Malissen B., Fu X., Kabashima K., Ng L. G., Blériot C., Liu Z., Sheng L., Zheng D. N., Qu J., Venteclef N., Su B., Amit I., Schlitzer A., Angeli V., Ginhoux F. & Chakarov S. Science | 2025 [All authors] » « [Less authors]

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Yilmaz A., Gurhan G., Comar M. Y., Viukov S., Serfaty I., Gayretli M., Golenchenko S., Lokshtanov D., Ashouokhi S., Polanco A. , et al. , Berlad I., Ha T. W., Aguilera-Castrejon A., Tarazi S., Cohen M., Livnat N., Kumar K., Cholakkal H., Levy N., Yosef N., Khatib N., Kakun R. R., Kedmi M., Nachman I. B., Keren-Shaul H., Addadi Y., Orenbuch A. H., Korovin K., Molchadsky A., Hochedlinger K., Gafni O., Maza I., Novershtern N., Oldak B. & Hanna J. H. Cell Stem Cell | 2025 [All authors] » « [Less authors]

Sheban F., Phan T. S., Xie K., Ingelfinger F., Gur C., Shapir Itai Y., Blecher-Gonen R., Yu C., Avellino R., Chalan P. , et al. , Freitag K., Yofe I., Yutkin V., Boyeau P., Ergen C., Hong J., Mazuz K., Liu Y., Chen K., Dahan R., Kortylewski M., Yosef N., Weiner A. & Amit I. Cancer Cell | 2025 [All authors] » « [Less authors]

Zheng R., Zhang Y., Tsuji T., Gao X., Shamsi F., Wagner A., Yosef N., Cui K., Chen H., Kiebish M. A. , et al. , Aristizabal-Henao J. J., Narain N. R., Zhang L., Tseng Y. H. & Chen K. Nucleic Acids Research | 2025 [All authors] » « [Less authors]

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Porcari S., Ng S. C., Zitvogel L., Sokol H., Weersma R. K., Elinav E., Gasbarrini A., Cammarota G., Tilg H. & Ianiro G. Cell | 2025

Rudnitsky A., Oh H., Margolin M., Dassa B., Shteinberg I., Stoler-Barak L., Shulman Z. & Kedmi R. Nature | 2025

Weller C., Bartok O., McGinnis C. S., Palashati H., Chang T. G., Malko D., Shmueli M. D., Nagao A., Hayoun D., Murayama A. , et al. , Sakaguchi Y., Poulis P., Khatib A., Erlanger Avigdor B., Gordon S., Cohen Shvefel S., Zemanek M. J., Nielsen M. M., Boura-Halfon S., Sagie S., Gumpert N., Yang W., Alexeev D., Kyriakidou P., Yao W., Zerbib M., Greenberg P., Benedek G., Litchfield K., Petrovich-Kopitman E., Nagler A., Oren R., Ben-Dor S., Levin Y., Pilpel Y., Rodnina M., Cox J., Merbl Y., Satpathy A. T., Carmi Y., Erhard F., Suzuki T., Buskirk A. R., Olweus J., Ruppin E., Schlosser A. & Samuels Y. Cancer Cell | 2025 [All authors] » « [Less authors]

Sala E., Nelli M., Laura C., Di Lucia P., Beccaria C. G., Bono E. B., Mangione M., Marotta D., Sperto V., Grillo M. , et al. , Giustini L., Tosi F., Nie J., Kim D., Furiato G., Malpighi C., Consolo E., Becher B., David E., Cohen M., Giladi A., Amit I., Bosselut R., Guidotti L. G., Iannacone M. & Kuka M. EMBO Journal | 2025 [All authors] » « [Less authors]

Prillo S., An K., Wu W., Kristanto I., Jones M. G., Song Y. S. & Yosef N. | 2025

Wu Z., Wang Y., Chen W. w., Sun H., Chen X., Li X., Wang Z., Liang W., Wang S. Y., Luan X. , et al. , Li Y., Huang S., Liang Y., Zhang J., Chen Z. F., Wang G., Gao Y., Liu Y., Wang J., Liu Z., Shi P., Liu C., Lv L., Hou A., Wu C., Yao C., Hong Z., Dai J., Lu Z., Pan F., Chen X., Kettenmann H., Amit I., Speakman J. R., Chen Y., Ginhoux F., Cui R., Huang T. & Li H. Cell | 2025 [All authors] » « [Less authors]

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Goldberg K., Lobov A., Antonello P., Shmueli M. D., Yakir I., Weizman T., Ulman A., Sheban D., Laser E., Kramer M. P. , et al. , Shteinvil R., Chen G., Ibraheem A., Sysoeva V., Fishbain-Yoskovitz V., Mohapatra G., Abramov A., Shimshi S., Ogneva K., Nandy M., Amidror S., Bootz-Maoz H., Kuo S. H., Dezorella N., Kacen A., Javitt A., Lau G. W., Yissachar N., Hayouka Z. & Merbl Y. Nature | 2025 [All authors] » « [Less authors]

Wein T., Millman A., Lange K., Yirmiya E., Hadary R., Garb J., Melamed S., Amitai G., Dym O., Steinruecke F. , et al. , Hill A. B., Kranzusch P. J. & Sorek R. Nature | 2025 [All authors] » « [Less authors]

Turjeman S., Rozera T., Elinav E., Ianiro G. & Koren O. Cell | 2025

Shvefel S. C., Pai J. A., Cao Y., Pal L. R., Bartok O., Levy R., Zemanek M. J., Weller C., Herzog E., Yao W. , et al. , Hiam-Galvez K. J., Cheng K., Yin Y., Du P. P., Raposo C. J., Gumpert N., Welti M., Martínez Gómez J. M., Sella F., Yakubovich E., Orr I., Ben-Dor S., Oren R., Fellus-Alyagor L., Golani O., Brenner O. J., Salame T. M., Zerbib M., Goliand I., Ranmar D., Savchenko I., Ketrarou N., Schäffer A. A., Dahan R., Levesque M. P., Ruppin E., Satpathy A. T. & Samuels Y. Cancer Discovery | 2025 [All authors] » « [Less authors]

Valdés-Mas R., Leshem A., Zheng D., Cohen Y., Kern L., Zmora N., He Y., Katina C., Eliyahu-Miller S., Yosef-Hevroni T. , et al. , Richman L., Raykhel B., Allswang S., Better R., Shmueli M., Saftien A., Cullin N., Slamovitz F., Ciocan D., Ouyang K. S., Mor U., Dori-Bachash M., Molina S., Levin Y., Atarashi K., Jona G., Puschhof J., Harmelin A., Stettner N., Chen M., Suez J., Honda K., Lieb W., Bang C., Kori M., Maharshak N., Merbl Y., Shibolet O., Halpern Z., Shouval D. S., Shamir R., Franke A., Abdeen S. K., Shapiro H., Savidor A. & Elinav E. Cell | 2025 [All authors] » « [Less authors]

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Porcari S., Mullish B. H., Asnicar F., Ng S. C., Zhao L., Hansen R., O'Toole P. W., Raes J., Hold G., Putignani L. , et al. , Hvas C. L., Zeller G., Koren O., Tun H., Valles-Colomer M., Collado M. C., Fischer M., Allegretti J., Iqbal T., Chassaing B., Keller J., Baunwall S. M., Abreu M., Barbara G., Zhang F., Ponziani F. R., Costello S. P., Paramsothy S., Kao D., Kelly C., Kupcinskas J., Youngster I., Franceschi F., Khanna S., Vehreschild M., Link A., De Maio F., Pasolli E., Miguez A. B., Brigidi P., Posteraro B., Scaldaferri F., Stojanovic M. R., Megraud F., Malfertheiner P., Masucci L., Arumugam M., Kaakoush N., Segal E., Bajaj J., Leong R., Cryan J., Weersma R. K., Knight R., Guarner F., Shanahan F., Cani P. D., Elinav E., Sanguinetti M., de Vos W. M., El-Omar E., Dorè J., Marchesi J., Tilg H., Sokol H., Segata N., Cammarota G., Gasbarrini A. & Ianiro G. The Lancet Gastroenterology and Hepatology | 2025 [All authors] » « [Less authors]

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Jaber Y., Sarusi-Portuguez A., Netanely Y., Naamneh R., Yacoub S., Saar O., Drawshave N., Eli-Berchoer L., Shapiro H., Elinav E. , et al. , Wilensky A. & Hovav A. H. npj Biofilms and Microbiomes | 2024 [All authors] » « [Less authors]

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Rabani S., Gunes E. G., Gunes M., Pellegrino B., Lampert B., David K., Pillai R., Li A., Becker-Herman S., Rosen S. T. & Shachar I. Cell Reports | 2024

Ergen C., Xing G., Xu C., Kim M., Jayasuriya M., McGeever E., Oliveira Pisco A., Streets A. & Yosef N. Nature Genetics | 2024

Amit I., Ardlie K., Arzuaga F., Awandare G., Bader G., Bernier A., Carninci P., Donnelly S., Eils R., Forrest A. R. , et al. , Greely H. T., Guigo R., Hacohen N., Haniffa M., Kirby E. S., Knoppers B. M., Kriegstein A., Lein E. S., Linnarsson S., Majumder P. P., Merad M., Meyer K., Mhlanga M. M., Nolan G., Ntusi N. A., Peer D., Prabhakar S., Raven-Adams M., Regev A., Rozenblatt-Rosen O., Saha S., Saltzman A., Shalek A. K., Shin J. W., Stunnenberg H., Teichmann S. A., Tickle T., Villani A. C., Wells C., Wold B., Yang H. & Zhuang X. Nature Communications | 2024 [All authors] » « [Less authors]

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Stoler-Barak L., Schmiedel D., Sarusi-Portuguez A., Rogel A., Blecher-Gonen R., Haimon Z., Stopka T. & Shulman Z. Journal of Experimental Medicine | 2024

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Pellegrino B., David K., Rabani S., Lampert B., Tran T., Doherty E., Piecychna M., Meza-Romero R., Leng L., Hershkovitz D. , et al. , Vandenbark A. A., Bucala R., Becker-Herman S. & Shachar I. PLoS Biology | 2024 [All authors] » « [Less authors]

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Aviel G., Elkahal J., Umansky K. B., Bueno-Levy H., Petrover Z., Kotlovski Y., Lendengolts D., Kain D., Shalit T., Zhang L. , et al. , Miyara S., Kramer M. P., Merbl Y., Kozlovski S., Alon R., Aharoni R., Arnon R., Mishali D., Katz U., Nachman D., Asleh R., Amir O., Tzahor E. & Sarig R. Nature Cardiovascular Research | 2024 [All authors] » « [Less authors]

Bar Ziv O., Cahn A., Jansen T., Istomin V., Kedem E., Olshtain-Pops K., Israel S., Oster Y., Orenbuch-Harroch E., Korem M. , et al. , Strahilevitz J., Levy I., Valdés-Mas R., Ivanova V., Elinav E., Shahar E. & Elinav H. Journal of Infectious Diseases | 2024 [All authors] » « [Less authors]

DeGroat W., Inoue F., Ashuach T., Yosef N., Ahituv N. & Kreimer A. Genome Biology | 2024

Majewska J., Agrawal A., Mayo A., Roitman L., Chatterjee R., Sekeresova Kralova J., Landsberger T., Katzenelenbogen Y., Meir-Salame T., Hagai E. , et al. , Sopher I., Perez-Correa J. F., Wagner W., Maimon A., Amit I., Alon U. & Krizhanovsky V. Nature Cell Biology | 2024 [All authors] » « [Less authors]

Liu J., Stoler-Barak L., Hezroni-Bravyi H., Biram A., Lebon S., Davidzohn N., Kedmi M., Chemla M., Pilzer D., Cohen M. , et al. , Brenner O., Biton M. & Shulman Z. Nature | 2024 [All authors] » « [Less authors]

Akkari L., Amit I., Bronte V., Fridlender Z. G., Gabrilovich D. I., Ginhoux F., Hedrick C. C. & Ostrand-Rosenberg S. Nature Reviews Immunology | 2024

Simoneau C. R., Chen P. Y., Xing G. K., Hayashi J. M., Chen I. P., Khalid M. M., Meyers N. L., Taha T. Y., Leon K. E., Suryawanshi R. K. , et al. , McCavitt-Malvido M., Ashuach T., Fontaine K. A., Rodriguez L., Joehnk B., Walcott K., Vasudevan S., Fang X., Maishan M., Schultz S., Roose J. P., Matthay M. A., Sil A., Arjomandi M., Yosef N. & Ott M. Scientific Reports | 2024 [All authors] » « [Less authors]

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Gray I., Caron D. P., Wells S. B., Guyer R., Szabo P., Rainbow D., Ergen C., Rybkina K., Bradley M. C., Matsumoto R. , et al. , Pethe K., Kubota M., Teichmann S., Jones J., Yosef N., Atkinson M., Brusko M., Brusko T. M., Connors T. J., Sims P. A. & Farber D. L. Science immunology | 2024 [All authors] » « [Less authors]

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Porcari S., Fusco W., Spivak I., Fiorani M., Gasbarrini A., Elinav E., Cammarota G. & Ianiro G. The Lancet Gastroenterology and Hepatology | 2024

Gaur P., Rajendran Y., Srivastava B., Markandey M., Fishbain-Yoskovitz V., Mohapatra G., Suhail A., Chaudhary S., Tyagi S., Yadav S. C. , et al. , Pandey A. K., Merbl Y., Bajaj A., Ahuja V. & Srikanth C. eLife | 2024 [All authors] » « [Less authors]

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Kagan Ben Tikva S., Gurwitz N., Sivan E., Hirsch D., Hezroni-Barvyi H., Biram A., Moss L., Wigoda N., Egozi A., Monziani A. , et al. , Golani O., Gross M., Tenenbaum A. & Shulman Z. Science immunology | 2024 [All authors] » « [Less authors]

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Jain S., Bakolitsa C., Brenner S. E., Radivojac P., Moult J., Repo S., Hoskins R. A., Andreoletti G., Barsky D., Chellapan A. , et al. , Chu H., Dabbiru N., Kollipara N. K., Ly M., Neumann A. J., Pal L. R., Odell E., Fishilevich S., Lancet D. & Yosef N. Genome Biology | 2024 [All authors] » « [Less authors]

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Uehata T., Yamada S., Ori D., Vandenbon A., Giladi A., Jelinski A., Murakawa Y., Watanabe H., Takeuchi K., Toratani K. , et al. , Mino T., Kiryu H., Standley D. M., Tsujimura T., Ikawa T., Kondoh G., Landthaler M., Kawamoto H., Rodewald H. R., Amit I., Yamamoto R., Miyazaki M. & Takeuchi O. Blood | 2024 [All authors] » « [Less authors]

Kirschenbaum D., Xie K., Ingelfinger F., Katzenelenbogen Y., Abadie K., Look T., Sheban F., Phan T. S., Li B., Zwicky P. , et al. , Yofe I., David E., Mazuz K., Hou J., Chen Y., Shaim H., Shanley M., Becker S., Qian J., Colonna M., Ginhoux F., Rezvani K., Theis F. J., Yosef N., Weiss T., Weiner A. & Amit I. Cell | 2024 [All authors] » « [Less authors]

Gayoso A., Weiler P., Lotfollahi M., Klein D., Hong J., Streets A., Theis F. J. & Yosef N. Nature Methods | 2024

Nobs S. P., Kolodziejczyk A. A., Adler L., Horesh N., Botscharnikow C., Herzog E., Mohapatra G., Hejndorf S., Hodgetts R. J., Spivak I. , et al. , Schorr L., Fluhr L., Kviatcovsky D., Zacharia A., Njuki S., Barasch D., Stettner N., Dori-Bachash M., Harmelin A., Brandis A., Mehlman T., Erez A., He Y., Ferrini S., Puschhof J., Shapiro H., Kopf M., Moussaieff A., Abdeen S. K. & Elinav E. Nature | 2023 [All authors] » « [Less authors]

Meyers N. L., Ashuach T., Lyons D. E., Khalid M. M., Simoneau C. R., Erickson A. L., Bouhaddou M., Nguyen T. T., Renuka Kumar G., Taha T. Y. , et al. , Natarajan V., Baron J. L., Neff N., Zanini F., Mahmoudi T., Quake S. R., Krogan N. J., Cooper S., McDevitt T. C., Yosef N. & Ott M. mBio | 2023 [All authors] » « [Less authors]

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Finlay B. B., Amato K. R., Azad M., Blaser M. J., Bosch T. C., Chu H., Dominguez-Bello M. G., Ehrlich S. D., Elinav E., Geva-Zatorsky N. , et al. , Gros P., Guillemin K., Keck F., Korem T., McFall-Ngai M. J., Melby M. K., Nichter M., Pettersson S., Poinar H., Rees T., Tropini C., Zhao L. & Giles-Vernick T. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | 2021 [All authors] » « [Less authors]

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Perugino C. A., Kaneko N., Maehara T., Mattoo H., Kers J., Allard-Chamard H., Mahajan V. S., Liu H., Della-Torre E., Murphy S. J. , et al. , Ghebremichael M., Wallace Z. S., Bolster M. B., Harvey L. M., Mylvaganam G., Tuncay Y., Liang L., Montesi S. B., Zhang X., Tinju A., Mochizuki K., Munemura R., Sakamoto M., Moriyama M., Nakamura S., Yosef N., Stone J. H. & Pillai S. Journal of Allergy and Clinical Immunology | 2021 [All authors] » « [Less authors]

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Lopez R., Boyeau P., Yosef N., Jordan M. I. & Regier J. | 2020

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Htet T. D., Godneva A., Liu Z., Chalmers E., Kolobkov D., Snaith J. R., Richens R., Toth K., Danta M., Hng T. M. , et al. , Elinav E., Segal E., Greenfield J. R. & Samocha-Bonet D. BMJ Open | 2020 [All authors] » « [Less authors]

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Tuganbaev T., Mor U., Bashiardes S., Liwinski T., Nobs S. P., Leshem A., Dori-Bachash M., Thaiss C. A., Pinker E. Y., Ratiner K. , et al. , Adlung L., Federici S., Kleimeyer C., Moresi C., Yamada T., Cohen Y., Zhang X., Massalha H., Massasa E., Koni P. A., Kuperman Y., Harmelin A., Gao N., Itzkovitz S., Honda K., Shapiro H. & Elinav E. Cell | 2020 [All authors] » « [Less authors]

Mars R. A. T., Ward T., Houtti M., Priya S., Lekatz H. R., Tang X., Sun Z., Kalari K. R., Bhattarai Y., Zheng T. , et al. , Bar N., Frost G., Johnson A. J., van Treuren W., Han S., Ordog T., Grover M., Sonnenburg J., D'Amato M., Camilleri M., Elinav E., Segal E., Blekhman R., Farrugia G., Swann J. R., Knights D. & Kashyap P. C. Cell | 2020 [All authors] » « [Less authors]

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Gordon M. G., Inoue F., Martin B., Schubach M., Agarwal V., Whalen S., Feng S., Zhao J., Ashuach T., Ziffra R. , et al. , Kreimer A., Georgakopoulos-Soares I., Yosef N., Ye C. J., Pollard K. S., Shendure J., Kircher M. & Ahituv N. Nature protocols | 2020 [All authors] » « [Less authors]

Chen Y., Yin J., Li W., Li H., Chen D., Zhang C., Lv J., Wang Y., Li X., Li J. , et al. , Zhang P., Li Y., He Q., Yang X., Lei Y., Tang L., Zhou G., Mao Y., Wei C., Xiong K., Zhang H., Zhu S., Hou Y., Sun Y., Dean M., Amit I., Wu K., Kuang D., Li G., Liu N. & Ma J. Cell Research | 2020 [All authors] » « [Less authors]

Khatib-Massalha E., Bhattacharya S., Massalha H., Biram A., Golan K., Kollet O., Kumari A., Avemaria F., Petrovich-Kopitman E., Gur-Cohen S. , et al. , Itkin T., Brandenburger I., Spiegel A., Shulman Z., Gerhart-Hines Z., Itzkovitz S., Gunzer M., Offermanns S., Alon R., Ariel A. & Lapidot T. Nature Communications | 2020 [All authors] » « [Less authors]

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Biram A. & Shulman Z. Immunological Reviews | 2020

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Geirsdottir L., David E., Keren-Shaul H., Weiner A., Bohlen S. C., Neuber J., Balic A., Giladi A., Sheban F., Dutertre C. , et al. , Pfeifle C., Peri F., Raffo-Romero A., Vizioli J., Matiasek K., Scheiwe C., Meckel S., Maetz-Rensing K., van der Meer F., Thormodsson F. R., Stadelmann C., Zilkha N., Kimchi T., Ginhoux F., Ulitsky I., Erny D., Amit I. & Prinz M. Cell | 2019 [All authors] » « [Less authors]

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Carson D., Barry R., Hopkins E. G. D., Roumeliotis T., Garcia-Weber D., Mullineaux-Sanders C., Elinav E., Arrieumerlou C., Choudhary J. S. & Frankel G. Cellular Microbiology | 2019

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Wein T., Romero Picazo D., Blow F., Woehle C., Jami E., Reusch T. B., Martin W. F. & Dagan T. Trends in Microbiology | 2019

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Sever L., Radomir L., Strim K., Weiner A., Shchottlender N., Lewinsky H., Barak A. F., Friedlander G., Ben-Dor S., Becker-Herman S. & Shachar I. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | 2019

Nobs S. P. & Elinav E. Science | 2019

Afik S., Raulet G. & Yosef N. Life Science Alliance | 2019

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