תוכנות ללינוקס

Cygwin הינה סביבה דמוית לינוקס לחלונות שמאפשרת הסבת תוכנות אשר רצות במערכות POSIX (כגון לינוקס, BSD ויוניקס) למערכת ההפעלה חלונות.

למידע נוסף, בקרו באתר אתר Cygwin.

שרת ה-FTP של מכון ויצמן עומד לרשותכם, בעיקר עבור השימושים הבאים:

• העלאה והורדה של קבצים לשימושכם.
• העלאה והורדה של קבצים עבור ומאת משתמשים חיצוניים, לצורך שיתוף נתונים או למטרות עבודה משותפת.

שימוש בשרת ה-FTP למטרות משלכם

על מנת להעלות ולהוריד קבצים לשימושכם:

1. גשו אל שרת ה-FTP (בדרך כלל, באמצעות פקודת השורה ftp ftp.weizmann.ac.il).
2. התחברות עם שם המשתמש והסיסמה המכוניים שלכם.
3. גשו אל תיקיית ה-FTP שלכם באמצעות הפקודה cd /var/ftp/pub/[user_ID].
4. להעלאה והורדה של קבצים, השתמשו בפקודות put [file name] ו–get [file name], בהתאמה. להעלאה והורדה של קבצים מרובים באמצעות חיפוש חלקי (wildcards), השתמשו בפקודות mput [partial file name] ו–*mget [partial file name].

שימוש בשרת ה-FTP לשיתוף נתונים חיצוני ולעבודה שיתופית

משתמשים חיצוניים רשאים להשתמש בשרת ה-FTP על מנת לחלוק עמכם קבצים, באמצעות הפעולות הבאות:

1. גישה לשרת ה-FTP (בדרך כלל באמצעות פקודת השורה ftp ftp.weizmann.ac.il).
2. התחברות באמצעות שם המשתמש anonymous, והזנת כתובת הדואר האלקטרוני המכונית של הנמען בתור הסיסמה.
3. גישה לתיקיית incoming ב–FTP באמצעות הפקודה cd incoming.
4. שימוש בפקודות put [file name] ו–get [file name], בהתאמה, על מנת להעלות ולהוריד קבצים, ושימוש בפקודות החיפוש החלקי (מבוססות wildcards) *mput [partial file name] ו–*mget [partial file name],  כדי להעלות ולהוריד קבצים מרובים.

הערה: שרת ה-FTP של מכון ויצמן משמש כמכונת ״Data in Transfer״ (נתונים בהעברה). כל פריט נתונים בן למעלה מ-7 ימים יימחק אוטומטית, ללא התראה.

Mathematica הינה כלי תוכנה רב עוצמה אשר מסייע בביצוע מחקרים מדעיים, ניתוחים ומודלים הנדסיים, הדרכה טכנית ויישום שיטות כמותיות, עם תמיכה בחישובים פשוטים, כמו גם בתכנות רחב היקף ובהכנת מסמכים. למידע נוסף על התוכנה, אנא בקרו באתר Wolfram.

דרישות מינימום

השימוש ב-Mathematica מצריך התקנת תמיכת CIFS, כדלהלן:

• ב-Debian ו-Ubuntu, התקינו תמיכת CIFS באמצעות הפקודה sudo apt-get install cifs-utils.

• ב-CentOS ו-Fedora, התקינו את התמיכה ב-CIFS באמצעות הפקודה yum install cifs-utils.

התקנת Mathematica

על מנת להתקין את Mathematica (הריצו את הפקודות הבאות בתור Root או השתמשו בפקודת sudo):

• טענו את מיקום ה-NFS באמצעות הפקודה mount smb://wisfiler.weizmann.ac.il/collaboration/Software/Mathematica/Mathematica_13.2.1 /mnt.
• צרו נקודת טעינה (Mount Point) עבור קובץ ה-ISO באמצעות הפקודה sudo mkdir /media/iso.
• טענו את קובץ ה-ISO שבתוך mnt/ באמצעות הפקודה mount -o loop /mnt/Mathematica_13.2.1_BNDL_LINUX.iso /media/iso.
• הריצו את ההתקנה באמצעות הפקודה sudo bash /media/iso/Unix/Installer/MathInstaller. בצעו את הפעולות הבאות במהלך ההתקנה:
  • לחצו על Enter בכדי לפתוח בהתקנה, ושוב על מנת להשלים אותה.
  • בחרו ב-Other ways to activate (דרכים אחרות לביצוע אקטיבציה).
  • בחרו ב-Connect to a network license server (התחברות לשרת רשיונות רשת).
  • הזינו את המלל license.weizmann.ac.il בתור שם השרת, ולחצו על Activate (ביצוע אקטיבציה).
  • אשרו את הסכם הרישוי ולחצו על OK להשלמת ההתקנה.
• פרקו (Unmount) את mnt/ באמצעות הפקודה umount /mnt בסוף התהליך.

MATLAB הינה שפה ברמה גבוהה וסביבה אינטראקטיבית לביצוע חישובים נומריים, ויזואליזציה ותכנות. באמצעות MATLAB תוכלו לנתח נתונים, לפתח אלגוריתמים וליצור מודלים ויישומים.

השפה, הפונקציות המתמטיות המובנות והכלים של MATLAB מאפשרים לכם לחקור מגוון גישות ולהפיק פתרונות בקצב מהיר מזה שמתאפשר לכם באמצעות גיליונות אלקטרוניים ושפות תכנות מסורתיות, כגון ++C/C ו-Java.

להתקנת MATLAB:

1. גלשו גלשו אל פורטל MATLAB.
2. בעמוד הפורטל, לחצו על הקישור Sign in to get started (התחברות לתיחלת עבודה).
3. צרו חשבון ב-Mathworks עם כתובת הדואר האלקטרוני המכוני שלכם (במידה וקיים כבר ברשותכם חשבון מבוסס דואר אלקטרוני מכוני ב-Mathworks, התחברו באמצעותו). רישיון מסוג Individual (יחיד) יוקצה לכם באופן אוטומטי.
4. הורידו את קובץ ההתקנה של MATLAB.
5. בעת ההתקנה, השתמשו בפרטי ההתחברות של חשבון Mathworks שברשותכם על מנת לבצע אקטיבציה לתוכנה.

להוראות התקנה בפירוט מלא, עיינו במדריך ה-PDF (באנגלית).

על מנת לחדש רישיון של התקנת MATLAB קיימת:

1. בלשונית Home (בית), באזור ה-Resources (משאבים), לחצו על Help (עזרה) > Licensing (רישוי) > Update Current Licenses (עדכון רשיונות נוכחיים). 
   MATLAB תציג את הרישיונות עבור המחשב שברשותכם ואת הסטטוס שלהם.
2. סמנו רישיון מסוג Individual ולחצו על Update לעדכון. MATLAB תתחבר לשרתי Mathworks על מנת למשוך את קובץ הרישיון המעודכן.

לסיוע נוסף, אנא צרו קשר עם מוקד התמיכה בשלוחה 4444.

PGI מציעה מגוון מהדרי תוכנה למעבדי x64 מרובי ליבות עבור לינוקס, Mac OS וחלונות, עם תמיכה בדיבוג וביצירת פרופילים של תהליכי MPI מקומיים. החברה מספקת גם ערכת פיתוח (SDK) לתוכנות OpenMP/MPI לתמיכה בביצועי חישוב גבוהים במעבדי אינטל ו-AMD החדישים ביותר.

למידע נוסף, בקרו באתר PGI.

Prophy הינה חבילת תוכנה שמיועדת לסיוע בניתוח תכנים, כגון מסמכים והצעות, ובהמלצה על מבקרים לתכנים אלה. בנוסף, התוכנה מסוגלת לבצע הערכה של פרופיל חוקר, להשוות חוקר לעמיתים רלוונטיים, ולהמליץ על מבקרים לחוקר זה. התוכנה זמינה למשתמשי מכון ויצמן במסגרת רישיון אתר (Site License), והשימוש בה אינו כרוך בתשלום במהלך השנה הראשונה.

להסברים על הרשמה לתוכנה ושימוש בה, עיינו במדריך למשתמש תוכנת Prophy (באנגלית).

למידע על עקרונות ההפעלה של Prophy, גלשו אל מדריך ה-How To של התוכנה (באנגלית).

PyMOL הינה מערכת גרפית מולקולרית מבוססת קוד פתוח אשר משמשת להדמיה, אנימציה, עריכה והפקת תמונות באיכות גבוהה לצורכי פרסום. המערכת תואמת חלונות, macOS ולינוקס, תומכת בתכנות סקריפטים וניתנת להרחבה באמצעות שפת התכנות Python.

הערה: תוכנת PyMOL ניתנת להתקנה אך ורק במחשבים שהינם רכוש המכון.

להרשמה לרישיון משתמש עבור PyMOL, יש לגלוש אל סל שירותי מערכות התוכנה.

TeX הינה מערכת טיפוגראפית דיגיטלית משוכללת שמהווה אמצעי פופולארי לעריכת וסידור נוסחאות מתמטיות מורכבות לדפוס. המערכת מחליפה את תוכנת troff, עורכת נוסחאות מוערכת אחרת, בהתקנות יוניקס רבות, והיא משמשת גם מגוון משימות עריכה וסידור לדפוס נוספות, בעיקר במסגרת LaTeX וחבילות תבניות אחרות.